Chronik
Foto: Matthäus Merian , Ansicht der Klosteranlage in Reinhausen von Südwesten, Merian-Stich um 1650, CC BY-SA 3.0
Wie bei den meisten Orten der Region ist auch bei Reinhausen nicht sicher bekannt, wann oder aus welchem Anlass der Ort gegründet wurde. Seit dem Hochmittelalter wird der Ort jedoch besonders häufig in Urkunden erwähnt, die erste derzeit bekannte Erwähnung findet sich in einer im 12. Jahrhundert gefälschten Urkunde, die auf den 26. Juli 1097 datiert und Heinrich IV. zugeschrieben ist. Dort wird ein Graf Heinrich de Reinehuson als Zeuge aufgeführt. Der Ortsname mit der häufigen Endung -hausen weist im Bestimmungswort anders als die meisten vergleichbaren Ortsnamen keinen Personennamen auf, sondern ist auf ein Wort mit dem Bedeutungsfeld „Rain, Grenze, begrenzender Berghang, Erhöhung, Ufer“ zurückzuführen. Ausschlaggebend für die Namensbildung war demnach die auffallende Lage am Fuß der steil über dem Ort aufragenden Sandsteinfelsen.
Reinhausen war im frühen Hochmittelalter Sitz der Grafen von Reinhausen, die als Nachkommen der Esikonen Inhaber des Comitats im Leinegau waren. Sie errichteten auf dem steil zur frühmittelalterlichen Heerstraße und zum Ort abfallenden Bergsporn des Kirchbergs eine Spornburg, die Burg Reinhausen, die nach archäologischen Funden bereits im 10. Jahrhundert besiedelt war und damit zu den besonders frühen Beispielen einer Adelsburg im sächsischen Raum zählt. Bereits am Ende des 11. Jahrhunderts wandelten die Grafen von Reinhausen ihren Stammsitz in ein Chorherrenstift um. Um 1100 errichteten sie auf dem nahe gelegenen Zwillingsberg Die Gleichen zwei neue Höhenburgen. Anfang des 12. Jahrhunderts wurde das Chorherrenstift in ein Benediktinerkloster umgewandelt. Die frühere Burgkirche wurde dabei erweitert und zur Klosterkirche ausgebaut.
Nach der Reformation wurde das Kloster aufgehoben und das Amt Reinhausen eingerichtet. Der ausgedehnte, über 300 Hektar große Grundbesitz des Klosters fiel an den Staat, der ihn als Gut bewirtschaften ließ. In der gleichen Zeit richtete man zudem den Amtsbezirk ein. Grundlage seiner Größe wurde der Bereich des bisherigen Klosters mit den Dörfern Reinhausen und Ischenrode sowie dem Vorwerk Bettenrode. Im 17. Jahrhundert kam das mit dem Eichsfeld im Streit liegende Dorf Lichtenhagen hinzu. Der Amtmann fungierte gleichzeitig als Domänenpächter, ab 1546 wird Ludolf Fischer als Amtmann zu Reinhausen genannt.
Am 1. Januar 1973 wurde Reinhausen in die neue Gemeinde Gleichen eingegliedert.
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